Skip to content
Jefferson Gonçalves
← Back to projects

M0 153

Assignatura Programari per a l'anàlisi de dades del Màster en Bioinformàtica i Bioestadística

#Laboratoris

#Desenvolupament amb contenidors o entorns virtuals

L'avantatge d'utilitzar un contenidor o un entorn virtual és que permet aïllar les dependències del projecte del sistema operatiu, evitant conflictes entre diferents projectes i versions de biblioteques.

#OPCIÓ 1: Desenvolupament amb Dev Containers

#Requisits

#Creació del contenidor

Una vegada oberta la carpeta del projecte a VS Code, clicarem a la icona Open a Remote Window i seleccionarem Reopen in Container.

Un cop creat i activat l'entorn virtual, ja es pot executar el codi a VS Code.

[!IMPORTANT] Abans d'iniciar o crear el contenidor cal que Docker Desktop estigui en execució.

Per tancar la connexió, clicarem a la icona Dev Container: Miniconda i seleccionarem Close Remote Connection. El contenidor es pot aturar des del tauler de Docker Desktop.

#Creació del Devcontainer

No cal crear un devcontainer, ja que el projecte es pot executar i depurar a VS Code sense necessitat de contenidors. No obstant això, si voleu reproduir els passos per crear un devcontainer per a aquest projecte, podeu seguir els passos següents:

  1. Obre la paleta d'ordres (Ctrl+Shift+P) i selecciona Dev Containers: Add Dev Container Configuration Files....
  2. Selecciona l'opció Add configuration files to workspace.
  3. Selecciona l'opció Miniconda com a plantilla de devcontainer.
  4. No cal instal·lar dependències addicionals, per la qual cosa pots prémer el botó Ok per continuar.
  5. Es crearà un fitxer devcontainer.json a la carpeta .devcontainer del projecte. Pots obrir-lo i revisar-ne el contingut. En el fitxer devcontainer.json, pots afegir configuracions addicionals si cal, com ara extensions de VS Code que vulguis instal·lar automàticament dins del contenidor.
  6. Per iniciar el devcontainer, obriu la paleta d'ordres (Ctrl+Shift+P) i seleccioneu Dev Containers: Reopen in Container. Això obrirà el projecte en un contenidor de desenvolupament amb la configuració especificada al fitxer devcontainer.json.

[!TIP] Podeu trobar més informació sobre com utilitzar devcontainers a la documentació oficial de Microsoft o la pàgina del repositori de devcontainers a devcontainers-miniconda

#Opció 2: Conda

#Requisits de Conda

#Creació de l'entorn virtual

Per crear un entorn virtual amb conda, executeu la següent ordre al directori arrel del projecte:

conda env create --prefix=./.conda --file=environment.yml

Per tal d'assegurar que l'entorn virtual s'ha creat correctament, podeu comprovar que el directori .conda/ s'ha creat al directori arrel del projecte.

[!TIP] Miniconda requereix menys espai i és més lleuger que Anaconda. Per a instal·lar Miniconda en sistemes macOS, podeu utilitzar Homebrew:

brew install --cask miniconda
conda init
conda config --set auto_activate_base False
source ~/.bash_profile
conda tos accept --override-channels --channel https://repo.anaconda.com/pkgs/main
conda tos accept --override-channels --channel https://repo.anaconda.com/pkgs/r

[!NOTE] Podeu utilitzar l'extensió de Visual Studio Code Python per gestionar entorns virtuals i executar codi Python dins de l'editor. Per crear un entorn virtual amb conda, accediu a la paleta d'ordres (Ctrl+Shift+P o Cmd+Shift+P a macOS) i escriviu "Python: Create Environment".

[!IMPORTANT] Si voleu canviar l'intèrpret de Python utilitzat per Visual Studio Code, podeu fer-ho des de la paleta d'ordres (Ctrl+Shift+P o Cmd+Shift+P a macOS) escrivint "Python: Select Interpreter" i seleccionant l'intèrpret de l'entorn virtual que heu creat. Cal tenir en compte que l'intèrpret se seleccionarà automàticament amb l'entorn virtual quant aquest s'hagi creat amb l'extensió comentada en la nota anterior.

#Activació i desactivació de l'entorn virtual

Per activar l'entorn virtual, executeu la següent ordre:

conda activate ./.conda

Per a desactivar l'entorn virtual, executeu la següent ordre:

conda deactivate

[!TIP] Per canviar el prompt de l'entorn virtual i que mostri el nom de l'entorn, un cop activat, podeu executar la següent ordre per escurçar-lo:

conda config --set env_prompt '({name}) '

New version available.